Проф. д-р Велимир Стойковский родился в Скопье 7 февраля 1966 года.
В. Стойковский является ординарным профессором в области биохимии и биологии клетки Университета имени Свв. Кирилла и Мефодия в Скопье. Кроме преподавательской деятельности в Македонии, он проводил занятия и в университетах за пределами Республики Македонии. Велимир Стойковский является Почётным профессором (professor honoris causa) Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова (Российская Федерация), Университета в г. Велико-Тырново (Болгария), Юго-западного университета в Чэнгду (Китай), а также почётным доктором (doctor honoris causa) Университета в Стамбуле (Турция). Является автором более 230 научных и специализированных трудов, главным исследователем и исследователем в 18 научно-исследовательских проектах.
Ранее занимал ряд постов в Университете и за его пределами, работал заместителем декана, деканом Факультета ветеринарной медицины, проректором Университета. Был национальным научным координатором в области естественно-математических наук, членом Национальной группы промоутеров Болонского процесса в Республике Македонии, членом рабочей группы по подготовке Национальной рамочной номенклатуры квалификаций в Македонии при Министерстве образования и науки Республики Македонии, членом Государственной комиссии по вспомогательным биомедицинским технологиям оплодотворения и членом рабочей группы по подготовке Закона о вспомогательных биомедицинских технологиях при Министерстве здравоохранения Республики Македонии, членом Комиссии по государственным наградам и отличиям при Президенте Республики Македонии, член Инициативного и консультационного комитета Европейской сети предприятий в Брюсселе, председатель Ректорской конференции государственных университетов Македонии, председатель Консорциума Европейского информационного и инновационного центра в Македонии, членом Национальной комиссии по делам ЮНЕСКО, председателем Межуниверситетской конференции Македонии, директор Русского центра при Университете им. Свв. Кирилла и Мефодия в Скопье и т.д.
Профессор доктор Велимир Стойковский с 2008 по 2016 г. был ректором старейшего и крупнейшего университета в Македонии – Университета имени Свв. Кирилла и Мефодия в Скопье. Он является представителем «Православной энциклопедии» и членом Собрания Торговой палате Македонии.
За свою деятельность В.Стойковский удостоен многих наград и признаний, в том числе медали Пушкина (награждён Указом Президента Российской Федерации, Е.П. г-на Дмитрия Медведева); юбилейной медали «70 лет Победы в Великой Отечественной войне» (награждён Организационным комитетом под председательством Президента Российской Федерации, Е.П. г-на Владимира Путина); медали ордена Русской Православной Церкви, «Преподобного Сергея Радонежского» (нагреждён Указом Святейшего Патриарха московского и Всея Руси Кирилла); Премии «13 ноября» города Скопье; Премии «13 ноября» Спортивного союза Скопье; грамоты Университета Риеки, Хорватия; медали ордена Святого македонского креста, (Македонская православная церковь); ордена «Св. Климента Охридского» 1 степени (Македонская православная церковь); Государственной премии имени Св. Климента Охридского (постановлением Парламента Республики Македонии) и др.